إن مما رواه لنا الأباء والاجداد قصة تأسيس المدرسة الخيرية المليبارية ,تلك القصة التى تعبر عن الحب المتاصل في نفوس الاجداد لعمل الخير وبذل النفيس في سبيل الله وفي سبيل العلم وخاصة العلم الشرعي .وتتجلى العظمة في النفس اذا علمنا تلك الظروف القاسية التى كانت تحيط بهم .

والقصة تبدا كما رويت لنا ان احد العلماء المليباريين القاطنين بمكة المكرمة ويدعى كي كني متي مسلير اثار اهتمامه أن معظم الجاليات الموجودة بمكة المكرمة مهتمه بتعليم ابنائها وحيث أنشات لهم مدارس وكتاتيب وفي نفس الوقت راى ان الجالية المليبارية لم تأمن لابنائها شيئا من هذا القبيل ,فأخذ يتصل بالمليباريين القاطنين بمكة المكرمة وعقد معهم أول جمعية عمومية للمليباريين تحدث فيها عن اهمية التعليم وخصوصا التعليم الشرعي واخذ يحث الحاضرين على ضرورة اقامة مدرسة خاصة بالجالية المليبارية تتولى تتولى تعليم ابنائهم امور دينهم خاصة وان المدارس الحكومية لم تكن متوفرة آن ذاك,فتحركت بذرة الخير في النفوس واستطاع ان يجمع منهم مبلغا من المال رغم الظروف المالية التى نعلمها جميعا ومن تلك اللحظة أخذ الجميع على عاتقهم أمر الجمع لهذا المشروع الخير وقام الشيخ كي كني متى مسلير بعد ذلك بالاجتماع بالحجاج المليباريين في موسم الحج واخذ يحضهم على التبرع وبدات رحلة جمع حفنة الرز حيث تولى أحد المليباريين مهمة الطواف على البيوت المليبارية حاملا معه تنكته يجمع فيها حفنات الرز التى تتبرع بها ربات المنازل حتى اذا امتلأت أخذها الى السوق وباعها اضافة الى بعض المصاغ التى تبرعت به بعض العائلات المليبارية وهكذا تنامى المبلغ فاشتروا به قطعة ارض بلغت مساحتها 24قيراط أسست عليها المدرسة المليبارية في عام 1346هـ

ولقد اتفق الجميع آن ذاك أن يصدر صك الوقف باسم الشيخأحمد محي الدين بكر مليباري لمكانة الرجل الاجتماعية آن ذاك .

وبدأ التدريس بالمدرسة عام 1346هـ وكان شبيها بالكتاب وفي جمادى الاخرة سنة 1371هـ افتتحت المدرسة رسميا وطبقت منهج مديرية المعارف العمومية واصبحت تضم جميع صفوف المرحلة الابتدائية.

ولقد ادى انتشار المدارس الحكومية الى قلة الاقبال على المدرسة فتوقفت عن التدريس عام 1382هـ واصبحت تعطي دروس تقوية للطلاب وللمكملين خلال العطل الصيفية وهكذا اصبحت الدراسة منذ ذلك التاريخ لا تنظم الا خلال العطلة الصيفية ثم توقفت المدرسة تماما عن التدريس .

ولكن بفضل الله ومنته استطاعت المدرسة مرة اخرى ان تستعيد نشاطها وتفتح ابوابها للطلاب في مقرها الجديد بفيلا رقم 333 بالاسكان العام اعتبارا من يوم الاحد الموافق 24/4/1419هـ لتحفيظ القران الكريم لابناء المسلمين وبدون اجرة طلبا